En raison de la diversité des entités historiques dont le département est formé, les sources relatives à l’histoire de l’Ain sous l’Ancien Régime se trouvent pour certaines conservées dans des services d’archives voisins. C’est le cas en particulier des comptes de châtellenies de la Bresse, du Bugey, du Pays de Gex et du Valromey, qui dépendaient de la Savoie puis de la généralité de Bourgogne après leur rattachement au royaume de France en 1601. Les châtelains étaient les agents locaux des comtes puis ducs de Savoie, chargés d’administrer en leur nom une châtellenie, c’est-à-dire le territoire dépendant d’un château. Ils étaient dotés de prérogatives en matière militaire et judiciaires, et assuraient également la levée des impositions. Leurs comptes contiennent des recette et dépenses, et fourmillent d’informations sur l’entretien des châteaux, la vie quotidienne ou la justice. On y trouvera par exemple mention de l’amende infligée en à un certain Pierre de Plano Campo pour s’être approprié une poutre que les eaux de l’Ain avaient porté sur une île (Ambronay, 1348-1349, B 6698), de travaux de construction au château de Châtillon (Châtillon-lez-Dombes, 1301-1304, B 7562), ou encore les dépenses pour l’exécution de Jean de Rougemont, condamné pour vol (Lompnès, 1338-1339, B 8220). Ce sont au total 4 271 comptes relatifs aux châtellenies situées dans l’actuel département de l’Ain qui se trouvent aujourd’hui conservés aux Archives départementales de la Côte-d’Or. Depuis 2016, le Département de l’Ain s’est engagé dans un partenariat avec celui de la Côte-d’Or en vue de la numérisation et de la diffusion en ligne de ces sources importantes pour son histoire, afin de faciliter leur accès aux chercheurs. De 2016 à 2020, le Département de l’Ain a financé la numérisation de 809 de ces comptes, remontant aux XIIIe et XVIe siècles. Il s’y ajoute 163 comptes numérisés grâce au mécénat de l’entreprise pondinoise Comptoir des plastiques de l’Ain (Pierre Blanc), 361 grâce à un partenariat entre les Départements de la Côte-d’Or et de la Savoie et 8 par le Département de la Côte-d’Or, soit 1 243 documents disponibles à la consultation sur le site des Archives départementales de la Côte-d’Or. Certains comptes sont en outre publiés sur le site Castellanie accompagnés d’une transcription et d’une traduction.
