En modifiant les institutions politiques et les circonscriptions administratives de l’ancienne France, la Révolution française se préoccupa de la conservation de ses archives et de celles des institutions supprimées.

En application de lois de 1789 à 1792, une masse considérable de documents nationalisés du clergé et une quantité désordonnée d’archives s’entassèrent dans les chefs-lieux des districts de l’Ain, autour de quelques fonds des anciennes administrations.

La conservation de ces papiers fut mise en cause par l’abolition du régime féodal. Des préposés au triage furent chargés à la fois de trier les documents domaniaux utiles, de  conserver les chartes et monuments historiques et d’anéantir tout vestige monarchique et féodal.

Ensuite, quand les districts furent supprimés par la constitution de l’an III, tous les documents déposés dans les chefs-lieux furent rassemblés au siège du département à Bourg. Les lois du 21 fructidor an III (7 septembre 1795) et du 5 brumaire an V (26 octobre 1796) ordonnèrent ces transferts et suspendirent le triage. Ces textes sont considérés comme la charte de fondation des Archives départementales.

Les premiers archivistes de l’Ain n’ont pas laissé un souvenir durable, ni dans l’administration départementale, ni dans la recherche historique locale. D’ailleurs, sous l’Empire, les Archives étaient délaissées par les préfets qui devaient en payer l’entretien sur leurs frais de bureau.

A cette époque, l’archiviste était alors un certain Brangier.

Jules Baux, archiviste de l’Ain dès 1840, fut le premier à laisser un nom dans l’historiographie locale.

La modicité du volume des archives et des versements semble lui avoir laissé les loisirs nécessaires pour se consacrer à de longs dépouillements dans les autres dépôts, destinés à compléter les données fournies par les documents conservés à Bourg.

Ainsi, dès 1862, il poursuivit l’œuvre du célèbre historien Guichenon par son Nobiliaire de Bresse et Dombes, suivi, en 1864, du Nobiliaire de Bugey et Gex, rédigés tous deux grâce aux recherches minutieuses qu’il effectua aux Archives de la Côte-d’Or. Déjà, en 1849, il avait établi un « rapport sur les documents concernant le département de l’Ain qui reposent, soit dans les archives de Bourgogne, soit dans la bibliothèque de la faculté de médecine de Montpellier ». Par ce rapport, il attirait déjà l’attention sur l’un des obstacles majeurs auxquels se heurte la recherche historique dans l’Ain : celui de l’extrême dispersion des sources.

Lors de l’arrivée de Jules Baux, les archives occupaient encore quelques greniers de la Préfecture de l’Ain qui, à cette époque, se trouvait dans l’ancien hôtel de Province dont les bâtiments avaient déjà abrité, pendant la Révolution, le Directoire du département. Cette situation changea du fait de la construction d’une nouvelle Préfecture dont la première pierre fut posée le 6 septembre 1855. Les archives furent alors en partie déménagées et vinrent occuper les combles et les caves du bâtiment nouveau.

En 1873, Jules Baux eut pour successeur le premier archiviste a être sorti de l’Ecole des Chartes : Marie-Claude Guigue.

Cet enfant du pays, né à Trévoux, ne resta qu’un an en poste à Bourg (10 avril 1873 – 6 juin 1874), mais il apportait avec lui un ouvrage à jamais précieux, sa Topographie historique du département de l’Ain, déjà citée, qu’il avait fait paraître précisément en 1873.

Pour la petite histoire, citons quelques anecdotes rapportées par Georges Tricou :

« M.-C. Guigue, au sortir de l’école des Chartes, avait été chargé par Jules Quicherat de traduire des notes secrètes de Napoléon 1^er pour l’Empereur. Admonesté vertement par le secrétaire de l’Empereur pour la lenteur de son travail, M.-C. Guigue a invoqué la difficulté du travail et le secrétaire a déclaré que l’Empereur s’impatientait. Réponse : « L’Empereur m’emm… » et l’Empereur entrait à ce moment dans la pièce. Résultat, M.-C. Guigue a été exilé de Paris et envoyé à Trévoux près de sa mère.

C’est à la suite de cet incident qu’il a été nommé vérificateur des poids et mesures, puis percepteur. Il a changé de résidence fréquemment car il était vite élu conseiller municipal et son influence était redoutée.

Après sa collaboration avec Valentin Smith aux fouilles de la vallée de Formans, il fut appelé à Paris par le duc de Persigny. Celui-ci l’emmenant dans sa voiture du côté du Louvre, M.-C. Guigue s’inquiéta et arrivé aux guichets, sauta de la voiture. « Malheureux, s’écria le duc, l’Empereur vous attend pour vous décorer ». Réponse de M.-C. Guigue : « Jamais je ne serai décoré par cet individu ».

Résultat, le nom de M .-C. Guigue ne parut pas dans le César  de Napoléon III, et il ne fut nommé archiviste de l’Ain que sous la IIIe République, puis décoré de la Légion d’Honneur en 1878 par le ministre dans le grand amphithéâtre de la Sorbonne au Congrès des Sociétés savantes.

Après le départ de Guigue pour Lyon où il laissa un souvenir durable, matérialisé par une production historique quasi monumentale, continuée d’ailleurs par celle de son fils Georges, l’Ain eut pour archiviste A. Vaysssière, à qui l’on doit quelques travaux historiques et dont une partie des notes manuscrites se trouvent conservées dans les archives de la société Gorini.

Le successeur de Vayssière fut Joseph Brossard. Né en 1846, il était le fils de Joseph, professeur de philosophie à Bourg et bon érudit, à qui l’on doit notamment une Histoire politique et religieuse du Pays de Gex et lieux circonvoisins depuis Jules César jusqu’à nos jours. Ses études au collège de Bourg terminées, Joseph Brossard entra directement aux Archives de l’Ain où Jules Baux l’initia à la paléographie et à la recherche historique. En 1868, à la retraite de Jules Baux, il fut nommé archiviste de la ville de Bourg, puis cumula ce poste en 1872 avec un emploi à la Bibliothèque de Bourg qu’il dirigea à partir de 1873. En même temps, il poursuivait ses travaux aux Archives départementales, et lorsqu’en 1880, le poste devint vacant à la suite du départ de Vayssière, il fut nommé archiviste de l’Ain, et l’année suivante, obtint brillamment le diplôme d’archiviste paléographe.

Avec Joseph Brossard commence l’ère de la rédaction des inventaires.

En 1872, il avait déjà publié l’Inventaire sommaire des Archives communales de Bourg, alors qu’il était archiviste municipal. En 1884, il rédige l’Inventaire de la série C, puis, en 1891, celui des séries G et H et en 1894, celui des séries D et E. Ce travail considérable de classement ne ralentit pas pour autant sa production historique puisqu’en 1882, il publiait, entre autres, son volumineux Cartulaire de Bourg.

L’année 1885 faillit être la plus funeste de l’histoire des Archives puisque, le 13 décembre, un incendie d’une extrême violence se déclara dans l’hôtel même de la préfecture. Par bonheur, les Archives furent épargnées mais une grande quantité de dossiers non encore versés disparurent dans le sinistre, ce qui cause maintenant de nombreuses lacunes dans les fonds modernes.

Joseph Brossard eut pour successeur, en 1897, un chartiste éminent et pittoresque : Octave Morel. Ce personnage haut en couleur mériterait qu’on écrivît sa biographie. Né en 1871, il arriva aux Archives de l’Ain âgé seulement de 26 ans, mais déjà célèbre dans le monde érudit par sa remarquable thèse d’Ecole des Chartes, consacrée à la Chancellerie royale. A peine arrivé, il signala l’extrême exiguïté des locaux des Archives, agrandis pourtant quelques années plus tôt par l’aménagement des caves de la préfecture.

Deux projets furent alors élaborés : l’un consistait à exhausser les ailes de la préfecture et l’autre à construire un local spécial à l’angle de l’avenue Alsace-Lorraine et de la rue Paul-Bert. La première solution l’emporta et le projet allait se réaliser lorsque l’administration préfectorale apprit avec stupeur que l’archiviste était en Afrique du Sud, faisant la guerre aux côtés des Boers contre ses ennemis presque personnels : les Anglais. Ce n’est pas le lieu de raconter ici l’épopée romanesque de cet archiviste ; disons seulement qu’il fut fait prisonnier et emmené en captivité à Sainte-Hélène où il put méditer tout à loisir pendant deux années de détention.

Pendant ce temps, l’administration avait nommé un remplaçant : Paul d’Arbois de Jubainville, nom célèbre de l’historiographie française. Cependant, la libération d’Octave Morel approchait, et on peut lire dans le rapport de l’archiviste intérimaire adressé au Préfet en 1902 :

« En commençant ce rapport, je me permettrai de vous dire combien nous avons été heureux d’apprendre la conclusion de la paix entre les Anglais et les Boers et de savoir que l’archiviste titulaire de l’Ain, M. Morel, va être mis en liberté et se rembarquer pour la France. Depuis deux longues années, il était détenu à Sainte-Hélène, dans une triste captivité, sans que ses vainqueurs, se laissant émouvoir par sa chevaleresque générosité, se soient relâchés de leur rigueur première et aient avancé le moment de sa libération ».

Octave Morel réintégra donc son poste qu’il occupa jusqu’en 1936. Fondateur de l’Union Sportive Bressane, il participa très activement à la vie de Bourg et écrivit dans les journaux du temps, sous différents pseudonymes, des articles en tous genres dont certains, de véritables canulars, tinrent en émoi toute la population bressane. Son ardeur combative (il se fit enrôler dans le 155^e territorial en 1914, d’une manière frauduleuse) et ses côtés pittoresques ne l’empêchèrent pas d’être un excellent archiviste à qui l’on doit un travail de classement considérable et la rédaction de plusieurs inventaires, entre autres ceux des séries A, B et L. Ecrivain hors pair, il rédigea aussi de nombreux articles historiques dont beaucoup furent imprimés dans les Annales de la Société d’Emulation. Il en fut le président jusqu’à sa mort survenue le 5 avril 1937.

Lorsqu’il fut de retour de Sainte-Hélène, Octave Morel reprit l’idée de construire un nouveau local pour les Archives et aboutit, à force d’insistance, à l’abandon du projet d’exhaussement des ailes de la préfecture au profit d’une construction nouvelle dans le parc préfectoral. Les travaux furent exécutés avec une « sage lenteur » et c’est seulement en juillet 1909 que la réception définitive put avoir lieu. Le local s’avéra vite trop petit avec ses 2 500 mètres de rayonnages, occupés sur deux rangs, et il fallut bientôt prévoir un nouvel aménagement qui ne fut d’ailleurs réalisé que bien plus tard, en 1956, sous la direction de Jacques Dropet.

Après le passage assez bref de deux archivistes, Claude Faure (1936-1940) et Grivaud (1940-1941), Jacques Dropet, qui avait dirigé auparavant le dépôt de la Haute-Saône à Vesoul, resta aux Archives de l’Ain de 1941 à 1968. Il fut alors remplacé par Robert Allain, qui mit sur pied le projet de construction d’un nouveau dépôt d’archives.

C’est à Paul Cattin, nommé archiviste départemental en 1972, qu’il revient de mener la construction d’un nouveau bâtiment, propre aux Archives, doté de 15 km linéaires de rayonnages, où le service s’installe en 1976.

Sous sa direction, jusqu’en 2003, les Archives départementales évoluent considérablement.

D’abord, l’achèvement de la construction permet de lancer une collecte active des archives notariales ainsi que de recevoir les volumineux versements des administrations et des tribunaux. Une seconde aile de magasins de conservation, de dix niveaux, est ajoutée en 1996-1997, portant la capacité du bâtiment à 40 km linéaires.

En 1986, les Archives, autrefois dépendantes du ministère de la Culture, sont transférées aux départements. Ce changement de tutelle permet enfin à un service chroniquement sous-doté en personnel et en budget d’obtenir les moyens d’assurer pleinement ses missions de sauvegarde des fonds d’archives.

Le bilan des classements de fonds et des publications d’instruments de recherche est éloquent : un premier tome pour les archives notariales (sous-série 3 E) en 1980, un second en 2000, le répertoire des registres paroissiaux et d’état civil en 1981, les archives des cultes au 19^e et 20^e siècles (série V) en 1986, la somme sur les archives judiciaires d’Ancien Régime (série B), qui fait référence sur le plan national, en 1993 et, enfin, autre ouvrage de référence, les archives révolutionnaires (série L) en 2003.

Le public en augmentation constante peut enfin être accueilli dans des locaux adaptés : dès son ouverture, la salle de lecture compte 30 places. Le service éducatif, créé en 1975, connaît dès ce moment un grand succès. Des expositions mettent déjà en valeur les fonds d’archives, comme La vie quotidienne dans l’Ain pendant la Grande Guerre (1984) ou L’imprimerie à Bourg avant la Révolution (2003).

C’est en 1999 que débutent les travaux de numérisation des fonds, avec les registres paroissiaux et d’état civil : ce vaste chantier a permis de préserver des documents originaux en danger car soumis à des consultations répétées, dues à l’essor des recherches généalogiques.

Parallèlement, Paul Cattin accomplit une œuvre d’historien foisonnante, jalonnée de très nombreuses publications, de l’histoire d’un village cher à son cœur, Rignat (1988), à l’Histoire de l’Ain (1989), en passant par l’histoire de la vallée du Suran, les éditions de comptes de châtellenie médiévaux, l’histoire de l’Ain à travers les monnaies et médailles et Mille ans d’art religieux dans l’Ain…

Conservateur des antiquités et objets d’art, il œuvre également au recensement, à la protection et à la connaissance des richesses patrimoniales et artistiques du département.

Depuis 2003, tout en poursuivant ces chantiers de collecte, de classement, de conservation des fonds, ainsi que de communication, l’accent a été mis sur :

• la continuation des classements, avec, notamment, la publication du répertoire des archives judiciaires (1800-1956, série U)
• la préservation des documents par l'adoption de conditionnements (chemises, boîtes, pochettes) spécialisés chimiquement neutres, et par le lancement d'importantes opérations de restauration (terriers antérieurs à 1601 en 2008-2009 ; archives des abbayes, à partir de 2010)
• la numérisation des sources de l’histoire sociale et familiale, des fonds iconographiques, l’informatisation des instruments de recherche et leur diffusion sur le site Internet ouvert en octobre 2007
• la mise en valeur des archives, la conquête de nouveaux publics, par le développement des expositions et des partenariats puis la création d’un poste de médiateur
• le lancement de l'archivage électronique.