La ville de Montréal fut bâtie sur la moraine frontale du glacier logé dans la cluse occupée aujourd'hui par le lac de Nantua. Elle domine la vallée de l'Ange, largement évasée entre le pli occidental (Molard de Brotonne) et le pli oriental (forêt de Montréal) qui s'achève au bord du lac par le plateau de Don. Le chef-lieu se scinde en deux agglomérations, l'une installée sur les pentes de Géovreissiat, qui le domine à l'ouest, et la seconde qui s'étend de l'église au-delà de l'Ange. Les axes routiers Nantua-Bellegarde et Lyon-Genève expliquent le développement de Montréal-la Cluse.
Des fouilles archéologiques ont révélé la présence d'une agglomération d'habitats appelée Orindis, à l'emplacement de La Cluse. Non loin de là fut édifié au Haut-Moyen-Âge un village, Sénoches (le terme de Senoscas apparait en 854 dans un diplôme contesté de Lothaire, puis Senochias en 1144 et enfin Senosches en 1250).
Montréal doit son origine à Étienne II de Thoire-Villars qui, entre 1244 et 1248, bâtit, sur un éperon rocheux dénommé La Bey, un château fortifié dominant toute la vallée, contre l'avis du prieur du monastère de Nantua, archevêque de Cantorbury, Boniface de Savoie, et dont il ne reste que des ruines. Le bourg, qui s'était construit autour de château, était ceint de murailles. En 1287, Humbert IV octroya des franchises à Montréal et la désigna chef-lieu des seigneuries qu'il possédait dans le Bugey. En 1347, les habitants commencèrent à ceindre leur ville jusqu'en 1353, encouragés par les largesses que leur accordaient les seigneurs des lieux qui y avaient établi un baillage. Différentes graphies anciennes nous renseignent sur l'étymologie de Montréal ; De Monte Regali (1280), Apud Montem Regalem (1299), Curatus de Montréal et de Sénoches (1325) et In Burgo Montis Regalis (1347). La ville et le château furent pris par le maréchal de Vergy en 1403. Ils furent cédés ensuite au comte de Savoie en 1414. La ville et son mandement furent aliénés au profit de Louis Oudinet, seigneur de
Montfort, qui les érigea en marquisat en 1570, puis en comté en 1574. Puis, Montréal passa successivement aux familles : Mouxi, Seyssel, Fauchier, Alinge, Budé, et enfin Douglas.
La Cluse doit sa naissance et son développement à sa situation géographique. Dès 1331, elle est citée dans une transaction entre le prieur de Nantua et Humbert V de Thoire et Villars, seigneur de Montréal, pour la délimitation de leurs terres. Y est évoquée la Maladière de la Cluse, composée d'un hôpital et de quelques masures situées sur le chemin de Saint-Jacques-de-Compostelle. Le premier plan connu, daté de 1769, révèle la présence de 6 habitations.
La Cluse et Montréal fusionnent en une seule commune en 1980.