C'est par la loi du 11 floréal an X (1er mai 1802) que Napoléon crée les lycées pour former l'élite de la future armée et de l'administration.
Le 21 décembre 1880, le député Camille Sée, proche de Jules Ferry, fait de l'enseignement supérieur des jeunes filles une affaire d'Etat en créant des institutions publiques. "Les filles sont aussi aptes que les garçons à recevoir l'éducation secondaire". Grâce à la loi Sée, l'instruction des filles ne sera plus dispensée par les seules écoles privées ou religieuses. Des externats sont institués, laissant aux municipalités la possibilité de créer des internats. L'enseignement de la religion disparaît au profit de la morale. Il faudra toutefois attendre 1925 pour que les programmes enseignés aux filles soient les mêmes que ceux des garçons. L'adoption de la loi Sée provoque un débat houleux à la Chambre et au Sénat, notamment sous l'influence de l'Eglise qui s'oppose à ce que l'on forme des " femmes libres penseurs ".
En 1883, Jules Ferry, Président du Conseil, Ministre de l'Instruction publique et des Beaux-Arts, et Vincent Triquet, Maire de Bourg en Bresse, signent un traité au sujet de la fondation à Bourg d'un lycée de jeunes femmes, recevant des externes libres et surveillées (c'est-à-dire restant à l'étude le soir). Ce lycée était destiné à prendre la suite du cours secondaire pour jeunes filles crée en 1881 par la municipalité burgienne dans les locaux de l'école Carriat. Le 4 septembre 1883, le décret de création du lycée est signé par Jules Grévy, Président de la République, et Jules Ferry.
La ville propose, pour installer le nouvel établissement, les locaux de l'ancienne gendarmerie, entre la Route de Lyon, le Chemin de Ronde (qui devient en 1887 le Boulevard Paul Bert) et l'étroite Rue de la plume. Les critiques fusent car l'environnement du lycée sera semé d' " indésirables ", liés à l'ancienne gendarmerie (maisons closes et maisons de jeux). L'architecte Tony Ferret est recruté pour élaborer les plans d'un nouveau bâtiment. Au printemps 1887, les plans et devis sont acceptés et les travaux commencent.
Le 7 septembre 1888, le maire et l'inspecteur d'académie peuvent annoncer à la presse l'ouverture, pour le 1er octobre 1888, du lycée national de jeunes filles de Bourg. La première rentrée compte 79 élèves, toutes externes. Les effectifs ne cessant d'augmenter, il faut construire un internat, ce qui est fait en 1896.
Le bâtiment est réquisitionné pendant la Première Guerre Mondiale : il devient hôpital militaire. Ne pouvant plus accueillir d'internes, le lycée perd plus de 50 élèves. Lors de la Seconde Guerre Mondiale, le lycée redevient hôpital militaire mais l'internat peut rouvrir car peu de blessés y sont acheminés jusqu'en 1944, quand les Allemands s'installent dans les locaux.
L'après guerre voit naître beaucoup de difficultés : vétusté des locaux, rationnement... Cependant, les effectifs ne cessent de croître : en 1967, par exemple, le lycée est obligé de refuser des pensionnaires car il n'y a plus de place (plus de 1200 élèves)La même année, les travaux pour un nouveau bâtiment commencent et l'installation des cours est effectuée l'année suivante.
En 1970, les cours et l'internat s'installent totalement dans le lycée neuf. Cette année marque aussi le début de la mixité du lycée.
