Le présent répertoire est construit suivant la structuration du cadre de classement de 1968 relatif aux archives hospitalières antérieures à 1970.
Il a été organisé en 11 parties qui reprennent les intitulés des sous-séries du cadre de classement de 1968. L'ordre de présentation de ces parties ainsi que leur subdivision respectent ses prescriptions. Concernant la partie « Archives médicales », le cadre de classement ne préconisant pas d'organisation interne spécifique, il a été décidé de présenter les articles par spécialité médicale.
Lors de son classement, le fonds a été coté selon le cadre de classement annexé au règlement des archives hospitalières de 1968 qui prévoyait l'attribution d'une lettre pour chaque sous-série du fonds.
Lors de la réception du second versement des archives de l'hôpital, il a été décidé de recoter tout le fonds de manière continue. En effet, il est paru plus pertinent de ne pas scinder le fonds entre une première partie antérieure à 1970 cotée à la sous-série, comme le préconise le cadre de classement de 1968, et une seconde partie en continu à partir de 1970.
Le fonds étant susceptible d'être complété par un nouveau dépôt, il est coté sous la forme « H dépôt Nantua + numéro en continu » de manière à faciliter, à l'avenir, la rédaction d'un répertoire méthodique ainsi que l'organisation matérielle du fonds.