L'asile Sainte-Madeleine, accueillant les femmes, est fondé en 1825. Il se situe à l'époque à l'extérieur de la commune de Bourg-en-Bresse et est délimité par le chemin de ronde, la promenade du Mail, ainsi que par des jardins clos, prés et champs. De nos jours, le site se trouve dans le quartier de la gare. Les bâtiments sont la propriété du Département depuis 2001 et abritent des services administratifs. Le palais de justice y a aussi été construit en 2016. À sa fondation l'asile est géré par la congrégation des frères de Saint-Jean-de-Dieu, jusqu'au 20 septembre 1826, date à laquelle un traité est signé entre la préfecture de l'Ain et la congrégation des Sœurs de Saint-Joseph. La congrégation est fondée en 1650 par le jésuite Jean-Pierre Médaille au Puy-en-Velay. Il existe, en 1823 dans l'Ain, 27 petites communautés de sœurs de Saint-Joseph. Elles sont unifiées l'année suivante et deviennent la congrégation des sœurs de Saint-Joseph de Bourg. À ses débuts, l'asile Sainte-Madeleine accueille 70 aliénées. La Supérieure de la congrégation, Mère Saint-Benoît, achète les terrains de l'asile et fait entreprendre des travaux. L'asile se développe : de nouvelles loges, une aile de bâtiment et une chapelle sont construites. En 1858, la congrégation acquiert les terrains dits des « terres du Mail », où seront bâtis les pavillons Saint-Raphaël et Sainte-Anne. Onze ans plus tard, ce sont les terres « du fond du jardin » qui sont acquises et qui feront place au pensionnat Sainte-Marie, inauguré en 1879.
En janvier 1834, les sœurs reprennent la gestion de l'asile Saint-Raphaël, pour hommes, tenu jusque-là par les frères de Saint-Jean-de-Dieu. À cette occasion, elles le rebaptisent asile Saint-Lazare. L'établissement est alors situé à proximité de Sainte-Madeleine, derrière le couvent des Capucins.
Avec la promulgation de la loi sur les aliénés du 30 juin 1838, chaque département se doit d'avoir un établissement prenant en charge les aliénés, qui pourront ainsi être soignés et protégés et qui, surtout, ne troubleront plus l'ordre public. Pour les départements ne possédant pas d'asile public, une institution privée religieuse peut, par convention, se charger de cette mission. Les asiles Sainte-Madeleine et Saint-Lazare deviennent donc des asiles privés faisant fonction d'asiles publics. Afin de garantir la liberté des aliénés, le placement est très réglementé. Ainsi, le procureur doit contrôler les procédures d'internement, demandées par la famille du malade ou un tiers (placement volontaire) ou par l'autorité publique, c'est-à-dire la préfecture (placement d'office). L'aliéné est mis sous tutelle et ses biens sont gérés par l'établissement. Si les ressources financières de l'aliéné sont faibles, la prise en charge des frais est assurée par le département d'origine.
Le département de Saône-et-Loire ne possédant pas d'asile, il passe un traité avec la congrégation des Sœurs de Saint-Joseph en 1840 : l'asile Sainte-Madeleine accueillera désormais les malades indigentes de ce département. Dès 1851, le département de la Seine envoie lui aussi un certain nombre d'aliénées, d'abord 50, puis 75 après le traité passé en 1855.
L'état sanitaire de l'asile Saint-Lazare étant critique, la congrégation décide, en mai 1855, d'acheter 78 hectares entre les communes de Bourg-en-Bresse et de Viriat, nommés propriété de Cuègre (actuel site du Centre Psychothérapique de l'Ain). La construction du nouvel asile est confiée à l'architecte Louis Dupasquier et les premiers aliénés sont accueillis en 1858. En 1861, ce nouvel asile dénommé « Saint-Georges » est reconnu par le préfet de l'Ain. Sa première directrice est Sœur Marie-Louise et le médecin nommé est le Dr Pic. La même année, la congrégation passe un traité avec le département de la Seine : l'hôpital accueille ainsi 100 aliénés. En 1863, c'est au tour du département de la Saône-et-Loire de passer un traité avec la congrégation pour la prise en charge des aliénés de ce département.
En 1857, le Dr Berthier succède au Dr Peloux à l'asile Sainte-Madeleine. Il en devient le médecin-chef à partir de 1860, tandis qu'à Saint-Georges c'est le Dr Pic qui occupe cette fonction. Conformément à la loi de 1838, les médecins-chefs doivent se consacrer entièrement au soin des patients des asiles où ils exercent. Ils ont d'ailleurs un rôle important dans les procédures de placement. À partir de 1870, un adjoint leur est attribué pour les seconder. En 1886, le Dr Aloys Adam devient médecin-directeur de l'asile Saint-Georges jusqu'en 1927, date à laquelle son fils, Émile Adam prend sa succession.
Lors de la Première Guerre mondiale, l'asile Sainte-Madeleine accueille des patientes évacuées d'autres asiles, menacées par l'avancée allemande mais aussi les soldats blessés. L'asile possède aussi une ferme, située aux hangars du clos Chambard, qui permet d'héberger les soldats prêts à partir au front. La période est difficile pour les deux asiles. La mortalité est importante, les restrictions alimentaires sont rudes et le charbon est en pénurie.
L'entre-deux-guerres est marqué par une série de travaux qui affecte les deux hôpitaux. Le pavillon Saint-Louis-de-Gonzague est construit en 1935 à l'asile Saint-Georges. À l'asile Sainte-Madeleine, une porcherie est construite en 1928 et le bâtiment dans lequel logent les employés est agrandi. En 1931, le quartier Saint-Vincent-de-Paul est détruit pour construire le bâtiment Saint-Ambroise. Enfin, en 1934, une nouvelle chapelle est érigée, sous la direction de l'architecte M. Curtelin. Elle est inscrite, en 2013, sur la liste des monuments historiques et a reçu le label « Patrimoine du XXe siècle ». En ce qui concerne le fonctionnement des hôpitaux, le Dr Jean-Louis Massot est nommé médecin-chef de l'asile Sainte-Madeleine en 1933. À Saint-Georges, sœur Léopoldine devient directrice en 1939, tandis que le Dr Charles-Henri Nodet occupe le poste de médecin-chef jusqu'en 1968.
La Seconde Guerre mondiale rend les conditions de vie difficile aux asiles. Les établissements souffrent du manque de bois et de charbon, le personnel est réquisitionné par les Allemands, puis libéré grâce à l'opposition de Sœur Candide, directrice de l'asile Sainte-Madeleine. La pénurie alimentaire sévit et entraine le décès des patients les plus fragiles. Face à cette situation, le Ravitaillement général accorde la carte T (carte des travailleurs de force) aux aliénés, améliorant la situation des malades. Les asiles sortent de la guerre avec une pénurie d'infirmiers. Le terme « asile » est remplacé par « hôpital psychiatrique » par le décret du 5 avril 1937. À Bourg-en-Bresse, le changement de dénomination n'est effectif qu'en 1947.
Dans les années 1950 et 1960, la formation du personnel infirmier s'organise. Il existe alors une école d'infirmiers dans chaque hôpital. Pendant deux ans, les infirmiers suivent une formation de deux heures par jour, assurée par les médecins et complétée par des cours pratiques dans les différents services. Après un stage de trois mois, les élèves sont diplômés. En 1955 est créé le diplôme d'État d'infirmier psychiatrique, qui devient obligatoire pour exercer. Au fil du temps, la formation se structure grâce aux Centres d'entrainement aux méthodes d'éducation actives (CEMEA). Le 1er octobre 1970, les deux écoles finissent par fusionner en une seule structure, qui s'installe à l'hôpital Sainte-Madeleine, au sous-sol du centre de consultation.
Dans les années cinquante, des activités thérapeutiques pour les patients se développent. Ainsi, des activités sportives émergent : à l'hôpital Saint-Georges, en 1954, sur l'invitation du Dr Nodet, l'infirmier André Gallet organise un match de football avec 30 malades. L'expérience est concluante, l'activité se structure et des compétitions s'organisent entre hôpitaux. Le premier match à Saint-Georges a lieu en 1961 contre l'hôpital Saint-Jean-de-Dieu de Lyon. Des activités culturelles sont également proposées aux patients, telles que la publication du Miroir de Saint-Georges. La revue est mensuelle et est réalisée de concert avec le personnel soignant. Le premier numéro est édité en 1961, le dernier parait en 1992.
Dans les années soixante, les hôpitaux deviennent autonomes tant sur le plan budgétaire que sur leur mode de fonctionnement. À l'hôpital Sainte-Madeleine, le Dr Houser entre en fonction au début de l'année 1959. Trois médecins (Dr Houser, Dr Massot et, à partir de 1950, le Dr Michel Hamel) exercent et trois internes les secondent. L'hôpital Saint-Georges compte deux médecins. Le Dr Nodet travaille avec le Dr Emile Adam jusqu'au décès de celui-ci en 1944. Il n'est remplacé par le Dr Flot qu'en 1953.
En 1960 est publiée la circulaire du ministère de la Santé publique instaurant la sectorisation dans le milieu psychiatrique. L'objectif poursuivi est de prévenir et soigner le plus tôt possible, de laisser le malade dans son environnement familier et de permettre qu'une même équipe médico-sociale gère de manière continue la prise en charge des malades, dans une aire géographique précise. Elle n'entrera en vigueur qu'en 1971-1972.
Les crises des vocations, les impératifs de modernisation des hôpitaux, notamment pour appliquer la circulaire sur la sectorisation, vont pousser la congrégation à se séparer de la gestion des hôpitaux. C'est lors de la commission de surveillance du 16 décembre 1970 qu'est annoncée la volonté de céder la gestion à l'Organisation pour la Santé et l'Accueil (ORSAC). En 1971, Robert Masson est directeur de l'hôpital Saint-Georges et Paul Bureau directeur de l'hôpital Sainte-Madeleine. En octobre, les hôpitaux fusionnent et deviennent, au 1er janvier 1972, le Centre Psychothérapique de l'Ain et l'ORSAC en devient propriétaire le 21 mai 1973.
