La Commune de Cessy est située dans le Pays de Gex, sur un plateau au pied du massif du Jura. Elle est arrosée de deux cours d'eau : le Journans et l'Oudar. L'altitude moyenne est de 536 m environ au bourg, avec un point culminant à 578 m au Martinet. Le niveau le plus bas est enregistré en limite de la commune de Segny au sud (env. 500 m).
Initialement composée de plusieurs hameaux, dont celui du Martinet, l'agglomération de Cessy s'est peu à peu développée, jusqu'à se souder avec celle de Gex. Seul le hameau de Tutegny demeure à part, au-dessus de Sauverny. Le territoire de Cessy était plus étendu autrefois : Ségny, autrefois simple hameau de Cessy, s'est constitué en commune indépendante au moment de la Révolution ; en 1833, la commune d'Echenevex a été érigée en prenant la majeure partie de son territoire sur celle de Cessy.
Sur le plan spirituel, dès le IXème siècle, les religieux de l'abbaye de Condat (Saint-Claude) étaient possessionnés à Cessy, ainsi qu'en témoigne une charte de l'empereur Lothaire en 855. Ils y ont fondé au XIe siècle un prieuré, dont l'église était dédiée à Sainte-Marie. En 1191, lorsque l'évêque de Genève cède la paroisse à l'abbaye, l' église paroissiale s'établit au prieuré, sous le vocable de saint Denis.
Sur le plan temporel, Cessy était une dépendance de la baronnie de Gex. Deux fiefs y sont identifiés :
- le château dit des Trois-Cours ou de Trélatour appartint aux famille Fernex (1359) puis Bourgeois (XVe siècle), Perrissot (XVIIe siècle), Poncet de Cessy, Borsat d'Hauterive, et enfin Brisset (1766) ; ce château fut reconstruit en 1808 par les Rouph de varicourt pui passé à la famille Grosfillex
- le petit fiel de la famille Mareschal, passé aux Pitegny puis aux Cologny (XVIe siècle) et enfin à Jean-François Payronnet, chirurgien et prévôt de Gex (XVIIIe siècle).
(Source : Histoire des communes de l'Ain, Horvath, 1985)
En 1789, Cessy était une communauté dépendant, pour l'administration, de la subdélégation de Gex, pour la justice, du bailliage de Gex et, pour la fiscalité, de l'élection de Belley.
